Kovien pohjien makrokasvillisuus voi antaa viitteitä meren ekologisesta tilasta. Ravinteiden ja kasviplanktonin määrä kasvaa rehevöitymisen myötä ja pohjaan pääsevän valon määrä vähenee. Tämä voi aiheuttaa makrokasvillisuudessa seuraavia muutoksia:

Ravinnesuolokuormitus suosii eniten rihmaleviä ja muita nopeakasvuisia lajeja. Monivuotiset makrofyytit, kuten esim. rakkolevät vähenevät. Rihmalevät syrjäyttävät monia muita lajeja mm. varjostamalla niitä siten, että ne saavat liian vähän valoa.

Rihmaleväkasvustoja rakkolevien päällä. Kuvat ©V.Westberg

Vesissä, joita kuormittavat ravinteet tai orgaaniset aineet, myös veden sameus vähentää valon saantia. Rihmalevien määrän kasvu ja kasvillisuuden syvyyslevinneisyyden väheneminen ovat merkkejä rehevöitymisestä. Rihmalevät muodostavat irrotessaan pohjalle tiheitä mattoja, ja pohja muuttuu pahimmassa tapauksessa hapettomaksi. Rihmalevämattoja pidetään merkkinä rehevöitymisestä.

Edellä mainittuja muutoksia on todettu koko Itämeressä Perämerta lukuun ottamatta. Perämerellä on tehty hyvin vähän tutkimuksia, joten muutoksia on vaikeampi havaita. Rönnskärillä on tavattu irtonaisia levämattoja kasvillisuusvyöhykkeen alapuolella.

Muutos monipuolisesta pohjaeliöyhdyskunnasta yhdyskuntaan, jota dominoi muutama harva laji, voi johtua myös myrkyllisten aineiden päästöistä. Lajit, joita myrkyllinen aine ei vahingoita, lisääntyvät voimakkaasti kilpailun muiden lajien taholta vähentyessä. M/s Eiran öljypäästöjen vaikutuksia makrokasvillisuuteen tutkittiin vuonna 1984. Alueella havaitun esiintymisvaihtelun todettiin johtuvan suolapitoisuusgradientista eikä öljypäästöstä.